ฉลอง ปึงตระกูล เป็นข้าราชการพลเรือนเริ่มรับราชการที่กองส่งเสริมการสหกรณ์ กระทรวงเกษตร ต่อมาโอนย้ายมาอยู่สภาเศรษฐกิจแห่งชาติ (สภาพัฒน์ ในปัจจุบัน) เคยดำรงตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ หรือสภาพัฒน์ ในระหว่างปี พ.ศ. 2500[2] ถึงปี พ.ศ. 2506 และนับได้ว่าเป็นผู้นำการจัดทำแผนพัฒนาประเทศฉบับแรกของไทย จากการจัดทำแผนพัฒนาการเศรษฐกิจแห่งชาติ เมื่อปี พ.ศ. 2504[3] เป็นที่ปรึกษากระทรวงการคลัง พ.ศ. 2506 - พ.ศ. 2507 จากนั้นได้รับแต่งตั้งเป็นทึ่ปรึกษาสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ประจำกรุงวอชิงตัน และรองผู้อำนวยการสายเอเซีย ประจำธนาคารโลก

ต่อมาเป็นผู้อำนวยการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ระหว่างปี พ.ศ. 2510 ถึงปี พ.ศ. 2514[4] จากนั้นได้เข้าทำงานเป็นรองผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศไทย ในยุคของพิสุทธิ์ นิมมานเหมินท์ เป็นผู้ว่าการฯ[5] และลาออกในปี พ.ศ. 2518

ต่อมาในปี พ.ศ. 2519 ฉลองได้รับแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง และในปีต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการคลัง ในรัฐบาลพลเอก เกรียงศักดิ์ ชมะนันทน์[6]